Relations interspécifiques L’Isoetes prototypus semble confiné aux lacs oligotrophes, où il pousse généralement dans des sédiments mous, floculeux et vaseux.
L’Isoetes prototypus pousse le plus souvent dans les sédiments mous, floculeux et vaseux où le pied ou la main d’un nageur peuvent facilement s’enfoncer de 5 à 30 cm, voire plus.